Európska komisia (konkrétne Generálne riaditeľstvo pre spravodlivosť, slobodu a bezpečnosť) koordinuje činnosť EMN v spolupráci s Národnými kontaktnými bodmi (NKB) menovanými členskými štátmi, ktoré zároveň vytvárajú národné siete zložené zo širokého spektra zainteresovaných subjektov.

NKB, ktoré vymenovali vlády členských krajín, sa skladajú najmä z ministerstiev vnútra a spravodlivosti, výskumných inštitúcií, mimovládnych organizácií a národných úradov medzinárodnej organizácie.

Politické smerovanie činnosti EMN zabezpečuje riadiaci výbor, ktorému predsedá Európska komisia a je v ňom zastúpený jeden predstaviteľ každého členského štátu ako aj zástupca Európskeho parlamentu.